Johann Heinrich Cherler (Basilea, Suiza, 1570-Montbéliard, 1610) fue un botánico y médico suizo.
Era el hijo del pastor evangélico y poeta Paul Cherler y de Elisabeth, hija de Jean Bauhin.
Johann Heinrich Cherler se casó con la hija del botánico Johann Bauhin, con quien desarrolló el libro Historiæ plantarum generalis novas et absolutæ Prodomus un resumen de los conocimientos botánicos de su época que no se publicó hasta 1619, mucho después de la muerte Cherlers.
Se describen 5.000 especies vegetales y documentan en 3.000 dibujos.
Trabajó, entre otras cosas, como profesor de filosofía en la Academia de Nîmes.