En su edad adulta luchó a las órdenes del Príncipe Eugenio de Saboya contra los franceses en la Guerra de Sucesión Española y después contra los turcos durante la Guerra austro-turca de 1716-1718.
Sucedió a Piccolomini tras su muerte en Prishtina, Kosovo, pero Johann aumentó los impuestos y fracasó en mantener buenas relaciones así que las fuerzas albanesas y serbias se unieron a los otomanos.
Posteriormente, fue designado Gobernador del Ducado de Milán (1743-45).
En 1745 el compositor Christoph Willibald Gluck aceptó una invitación para convertirse en compositor en el Teatro del Rey en Londres, viajando a Inglaterra posiblemente en la compañía de Georg Christian, pero más probablemente con su primo más joven, Ferdinand Philipp, 6.º Príncipe Lobkowitz.
Dos de sus hijos murieron en batalla; dos otros hijos, Joseph Maria Karl (1724-1802) y August Joseph Anton (1729-1803), sirvieron en el ejército y cuerpo diplomático austriacos y se convirtieron en caballeros de la Orden del Toisón de Oro y uno, Ferdinand-Maria, Príncipe de Lobkowicz (1726-1795), se convirtió en obispo de Gante.