Es considerado como el fundador de la ornitología científica en Europa.

Después de asistir a la escuela en Dessau, regresó a casa y se dedicó al estudio de la agricultura, la botánica, la geología y ornitología, más tarde dirigió su atención especialmente a la ornitología y el estudio de las aves de Alemania, que contiene sus observaciones en una obra titulada Naturgeschichte der Vögel Deutschlands 13 vols, Leipzig (1822), adornado con placas de un gran número de aves que él mismo grabó.

[1]​ Fue el autor de muchos trabajos ornitológicos.

[2]​ La sociedad ornitológica alemana llamó a su revista Naumannia, y el cernícalo primilla (Falco naumanni) fue nombrado en honor a él.

La abreviatura Naumann se emplea para indicar a Johann Friedrich Naumann como autoridad en la descripción y taxonomía en zoología.