Güldenstädt nace en Riga, luego parte del Imperio ruso, y estudia Medicina en la Universidad de Frankfurt, obteniendo su doctorado en 1767.
En el siguiente año se une a la expedición que la Academia Imperial rusa de las Ciencias promueve por Catalina II de Rusia para explorar la frontera sureña del Imperio ruso.
La expedición de Güldenstädt fue el primer estudio sistemático del Cáucaso.
Eso incluía tanto sus atributos "naturales" --Flora, Fauna, Geografía, Geología--y sus pueblos, Economía, gobierno.
La abreviatura Gueldenstadt se emplea para indicar a Johann Anton Güldenstädt como autoridad en la descripción y taxonomía en zoología.