Sin embargo, su carrera se vio truncada por las lesiones, y tuvo que retirarse a los 26 años.
Su primer club fue el Al Wasl FC, que en 1981 confió en el técnico durante cinco años a pesar de no lograr ningún título.
En 2006 volvió a entrenar un equipo asiático, el Vegalta Sendai de Japón, al que intentó aupar hacia la J1 League sin éxito.
Santana llegó al cargo a recomendación del anterior seleccionador, Carlos Alberto Parreira, quien dimitió entonces por razones personales.
[3] Sin embargo, Joel fue destituido tras perder ocho partidos de nueve disputados, y Parreira regresó al cargo.
En 2011 entrena al Esporte Clube Bahia hasta enero de 2012, que rescinde su contrato para firmar con el Flamengo para afrontar un nuevo reto, sustituyendo a Vanderlei Luxemburgo.