Joaquín era el 4º hijo varón superviviente del Conde Carlos I de Hohenzollern (1516-1576) de su matrimonio con Ana (1512-1579), la hija del Margrave Ernesto de Baden-Durlach.
Como el hijo menor, estaba destinado para una carrera en el clero, típicamente como canónigo.
Para evitar esto, Joaquín se convirtió a la fe luterana.
Rompió con sus parientes católicos y se trasladó a la corte protestante del Elector de Brandeburgo Juan Jorge en Berlín.
El 6 de julio de 1578 en Lohra, contrajo matrimonio con Ana (m. 1620), la hija del Conde Volkmar Wolf de Hohnstein.