Como primer presidente de la tercera regencia, alcanzó el máximo poder en España siendo un americano, por ello lo han apodado como El colombiano que fue presidente del Gobierno español o El Colombiano que fue Rey de España.En 1794 adelanta un proceso contra Antonio Nariño en Santa Fe.[13] En Caracas se enfrentó a la Conjuración de los Mantuanos en 1808.Durante su mandato en Santa Fe, en 1791, se enfrentó con el entonces alcalde Antonio Nariño por la autoridad de la ciudad.[18]Al ser presidente de la nueva regencia se le concedió el tratamiento correspondiente que era el de alteza y excelencia ya que el presidente del consejo era rey en funciones.[22] Con su mujer quien tuvo tres hijas, todas las cuales abrazaron la vida religiosa como monjas carmelitas descalzas en México.
Retrato de Joaquín de Mosquera y Figueroa sin peluca
