Licenciado en Ciencias Económicas y en Periodismo por la Universidad Complutense de Madrid, comienza su actividad profesional en 1974 como redactor en el diario Informaciones; poco después pasa a ser jefe de la sección de economía de la revista Cuadernos para el diálogo y redactor jefe del diario económico Cinco Días.

Más adelante se incorpora al diario El País, del que llega a ser director entre 1988 y 1993; de 1993 a 1996 es director de publicaciones del Grupo Prisa.

También ha escrito varios libros de contenido económico.

Entre 2007 y 2012 dirige la publicación anual del Informe sobre la Democracia en España[1]​ de la Fundación Alternativas, de cuyo patronato es miembro.

[2]​ Joaquín Estefanía está especialmente vinculado a Cantabria.