Tras muchos años de activismo en el exilio, fue Secretario general y presidente del PCdoB desde 1980 hasta 2001.

Según el semanario Pasquim, el sobrenombre Amazonas fue adoptado por su padre, “um português apaixonado pela Amazônia”.

João Amazonas cayó preso durante dos meses y fue sometido a proceso político-militar, aunque no resultó condenado.

El mismo año que inició su participación política fue detenido durante 15 días por su implicación en el movimiento denominado União dos Proletários de Belém.

Abierta la polémica por la herencia de Stalin en el Partido Comunista Brasileño (PCB), João Amazonas lidera una corriente minoritaria, que se enfrenta a la línea de Luis Carlos Prestes.

En tres años, el grupo guerrillero fue aniquilado y la mayor parte del centenar de combatientes que lucharon en sus filas están desaparecidos.

En 1976, en São Paulo, las fuerzas represivas irrumpieron en una casa donde estaba reunido el Comité Central del PCdoB y mataron a tres de sus miembros y detuvieron a otros seis, en el episodio conocido como "la masacre de Lapa".

[3]​ João Amazonas se exilió y regresó en 1980 por la ley de amnistía.

La figura de Lula da Silva siempre contaría con el apoyo del PCdoB.