En 1970 regresó a su alma mater para ejercer como asistente durante tres temporadas, tras las cuales dirigió 5 temporadas a los American Eagles, con 70 victorias y 61 derrotas, y de vuelta a Saint Joseph's, pero esta vez como entrenador principal, llevando al equipo tres temporadas, en las que logró 65 victorias y 28 derrotas.

[2]​ En 1981 dio el salto a la liga profesional, fichando como entrenador asistente de Jack Ramsay en los Portland Trail Blazers,[3]​ hasta que en 1983-1984 fichó como entrenador principal de los San Diego Clippers, donde en su primera temporada consiguió 30 victorias por 52 derrotas.

[4]​ Al año siguiente la franquicia se trasladó a Los Ángeles, y Lynam continuó una temporada más al frente del banquillo, consiguiendo 22 derrotas y 39 victorias, hasta que fue reemplazado por Don Chaney.

[3]​ Dirigió durante cuatro temporadas y media a los Sixers, clasificando al equipo para los playoffs en tres ocasiones, logrando su mejor resultado en la temporada 1989-90, en la que se proclamaron campeones de la División Atlántico y alcanzaron las semifinales de conferencia, en la que cayeron ante Chicago Bulls.

[7]​ A pesar de ello continuó dos temporada más al frente del equipo.