Inició su carrera artística en 1956 y formó dúo de guitarra con Leo Brouwer.

Integró un trío de cámara con Enrique Castro, flauta, y Osvaldo Cañizares, violín.

Como instrumentista, Jesús Ortega ha realizado giras por México, Venezuela, Japón, Italia, Francia y la URSS.

El trabajo más destacado de Ortega para el cine, estudiado por Leonardo Acosta, fue para la película Una pelea cubana contra los demonios dirigida por Tomás Gutiérrez Alea.

El director y el compositor quisieron recrear la música cubana del siglo XVII.