Hernández empezó en el ciclismo por su padre, un cicloturista del club ciclista Nieves, de su localidad, Parla, para que hiciera vida sana.

[1]​ Hernández emigró al País Vasco para correr en el equipo aficionado Iberdrola, filial del potente ONCE de Manolo Saiz.

Hernández, al igual que Contador, declaró ante el juez Antonio Serrano en diciembre de ese año, aunque en calidad de testigo, no como imputado, al no ser el dopaje un delito según la legislación española vigente en ese momento.

Ese año corrió la Vuelta a España, la carrera más importante en la que participó (gracias a la invitación de la organización) el equipo, aunque tuvo que abandonar como consecuencia de una fuerte caída en la etapa con final en Calar Alto.

Así, acudió a la concentración invernal del equipo en Tenerife en diciembre y al Tour Down Under, momentos en los que trabó amistad con Lance Armstrong, heptacampeón del Tour de Francia que volvía tras tres años sin competir; el estadounidense empezó a llamarle cariñosamente Sweet baby Jesus (dulce niño Jesús).