Luego se dirigió al norte argentino, que fue en adelante su campo de acción; allí fue cura de numerosas parroquias y rancherías, lo que le permitió fundar escuelas, capillas y modestas bibliotecas.

Sabedor que la zona era rica en yacimientos arqueológicos, en Cachi (Salta) se dedicó al estudio de la cultura Calchaquí.

Viajó asimismo por territorio boliviano, recorriendo especialmente el valle de Tarija, donde hizo importantes descubrimientos arqueológicos y paleontológicos; puso en conocimiento de ello al doctor Burmeister, a la sazón en Buenos Aires, quien organizó en seguida una expedición científica que recogió importante material y ratificó los descubrimientos del padre Lavagna.

Decidió luego establecerse en Salta, y en su viaje de regreso, recogió un valioso material y realizó nuevos estudios relativos a la riqueza minera de aquellas regiones.

Rigió luego las parroquias de Matará y Mallín, en Santiago del Estero, donde permaneció dos años, durante los cuales introdujo mejoras en los inmuebles de sus parroquias.