Su apellido se debe a que tiene ascendencia española, concretamente por su abuelo materno.
Fernandez se formó en las categorías inferiores del AS Béziers, con cuyo primer equipo debutó a nivel profesional en 1972.
El Olympique de Marsella se hizo con sus servicios tres años más tarde, y allí se asentó rápidamente en la titularidad como medio defensivo, ganando una Copa de Francia en 1976.
Al concluir la Ligue 1 2010-11 en 9.ª posición y ser eliminado en la fase de grupos de la Champions con sólo 3 puntos, abandonó el conjunto galo tras cinco años al frente del mismo.
[19] En junio de 2013, comenzó a entrenar al Montpellier Hérault Sport Club.