Posteriormente estudia arquitectura y se incorpora a la sociedad Cousteau de su padre, siendo vicepresidente ejecutivo por veinte años.

En el año 1993 comienza a producir películas sobre el medio ambiente por su cuenta,[1]​[2]​[3]​ lo que le lleva a tener diferencias con su padre ya que abre un centro turístico en una Isla de Fiyi utilizando el nombre de la familia, por este tema Jacques-Yves Cousteau presenta una demanda en su contra en 1995.

En junio de 1996, un juez mediante orden judicial le obliga a añadir, su nombre al del hotel.

En el año 2006, Cousteau y un equipo de investigación filman un documental a lo largo del Río Amazonas.

El documental es un registro realizado por Jean-Michel y su padre sobre los cambios irreversibles que ha sufrido el ambiente de la cuenca del Amazonas en los últimos 25 años.