[1]​ Ouédraogo luego se desempeñó como Jefe de Estado al frente del Consejo de Salvación del Pueblo, ejerciendo paralelamente como Ministro de Defensa.

Más ideológicamente moderado que la mayoría de sus compañeros, Ouédraogo no obtuvo mucho apoyo popular y gobernó el país en medio de un clima político inestable.

Entró en conflicto con su primer ministro, el capitán Thomas Sankara, a quién destituyó en mayo de 1983.

Tres meses después, el 4 de agosto, Sankara tomó el poder por un nuevo golpe de Estado.

A partir de entonces, regresó a la medicina y fundó la clínica Notre-Dame de la Paix en Uagadugú.