En 1838, Cooke fue a Filadelfia, donde ingresó en la empresa bancaria EW Clark & Co.

Cooke financió una campaña de ventas a nivel nacional, nombrando a unos 2500 subagentes que viajaron por cada estado y territorio del norte y oeste, así como a los estados del sur cuando quedaron bajo el control del ejército de la Unión.

Cooke influyó en el establecimiento de bancos nacionales y organizó un banco nacional en Washington y otro en Filadelfia, casi tan rápido como el Congreso pudo autorizar las instituciones.

En los primeros meses de 1865, el gobierno se enfrentó a necesidades financieras apremiantes.

Al adelantar el dinero para los trabajos de construcción, la empresa sobreestimó su capital, y al acercarse el pánico de 1873 se vio obligada a suspender las operaciones.

El propio Cooke se vio forzado a declararse en bancarrota.

Jay Cooke estuvo muy involucrado en escándalos financieros con el Gobierno canadiense y causó que el Primer Ministro Sir John A. Macdonald perdiera su cargo en las elecciones de 1873.

[5]​[6]​ En 1880, Cooke había cumplido todas sus obligaciones financieras y, a través de una inversión en la mina de plata Horn en Utah, se había vuelto nuevamente rico.

La isla fue un puesto de observación para el comodoro Perry durante la batalla del lago Erie en 1813.

Devoto episcopaliano, Cooke regularmente daba el 10 por ciento (un diezmo) de sus ingresos con fines religiosos y caritativos.