Javier Otaola es autor de los ensayos La Metáfora masónica.
Razón y sentido (San Sebastián, 1999); Laicidad, una estrategia para la libertad (Barcelona, 2000); En el umbral de la logia (San Sebastián, 2003); Ciudadanía e identidad (Madrid, 2007); Testutxoak (Donostia, 2007); Fragmentos de un discurso masónico (Oviedo, 2009); La masonería en persona(s), junto a Valentín Díaz (Oviedo, 2010); La logia y la ley del deseo (Madrid, 2011 Atanor Ediciones); Cristianismo sin embargo, (Oviedo, 2011); Masonería y Hermenéutica.
Un mundo problemático, junto a Andrés Ortiz-Osés, (Madrid, 2012, Atanor Ediciones); Una mirada a la logia, junto al fotógrafo chileno Sebastián Utreras (Oviedo, 2012).
En 2023 publica una nueva novela protagonizada por su personaje de ficción, la ertzaina (policía vasca) Felicidad (o Zorione) Olaizola.
¨La comisaria Olaizola y el caso del perro blanco´,que se desarrolla en la ciudad de Vitoria-Gasteiz.