En 1964 es transferido al recién ascendido Cruz Azul, formando parte de sus filiales durante sus primeros años.

A su regreso con Cruz Azul, formó un triángulo defensivo legendario junto al argentino Miguel Marín y el chileno Alberto Quintano, siendo partícipe del tricampeonato de liga a principios de los años 1970.

Con su llegada al equipo felino, tras una lesión de Miguel Mejía Barón, Guzmán se adueñó del puesto titular.

Al término del partido, Juanito Armenta, compañero de equipo, emocionado le dijo «eres como Kalimán, único e invencible».

[7]​[8]​ En 2009, Guzmán recibió un emotivo homenaje en Cruz Azul, Hidalgo, junto al también finado Ignacio Flores Ocaranza, y Alberto Quintano.

[9]​ Participó en la Copa Mundial de 1970, jugando como titular los cuatro partidos que disputó México.

[10]​ Con el retiro, Javier Guzmán se integró como entrenador de fuerzas básicas de Cruz Azul y llegó a dirigir en segunda división a Cruz Azul Hidalgo.