Además, llegó a disputar dos encuentros en Primera División con el primer equipo, ante el Getafe C. F. y el R. C. D. Español.
En junio de 2007, Guerra continuó su carrera en Segunda División, con descensos consecutivos con el Granada 74 C. F. y el Deportivo Alavés, aunque en este último estuvo cedido por el R. C. D. Mallorca.
La primera vuelta del Real Valladolid Club de Fútbol en la temporada 2013/2014 no fue muy buena, pues acabaron el año al borde del descenso, sin embargo Javi Guerra hizo una gran primera vuelta acabando el año como máximo goleador español de la (Primera División de España) y tercer máximo goleador de la Liga con once goles, los mismos que Antoine Griezmann, siete menos que Cristiano Ronaldo y ocho menos que Diego Costa.
Sin embargo, en la segunda vuelta su rendimiento baja bastante, y el equipo mantiene una mala dinámica coqueteando con los puestos de descenso.
En la penúltima jornada en la visita a casa del Real Betis, ya descendido, Guerra marcó dos goles que invitaron a soñar con la permanencia, pero sin embargo el equipo se dejó ganar ese partido por 4-3 cuando lo tenía ganado, quedándose a las puertas de un descenso que se consumaría definitivamente en la última jornada tras caer en casa por 0-1 ante el Granada CF.