Basado en el proyecto Mad Hatter, que vio la luz a finales del 2003, el objetivo se centra en el desarrollo de un Linux amigable acompañado de su Star Office y Java, además de Gnome, Mozilla, Evolution o Pidgin y está basado en estándares abiertos.

En un principio Java Desktop System se basaba en la distribución Suse, que fue comprada a posteriori por Novell, pero más tarde los ejecutivos de Sun decidieron que Java Desktop System se base en Solaris, su otro sistema operativo.

Según los acuerdos, Sun proporcionará un millón de unidades del Java Desktop System al año, acuerdo que proveerá de un sistema operativo a China a la espera de que fructifique su acuerdo con Japón y Corea para el desarrollo de un sistema propio, tendencia clara en los chinos, que están elaborando su propia alternativa al DVD, los llamados EVD.

En esta nueva versión sigue manteniendo el software con el que Sun quiere competir con Windows: escritorio GNOME 2.6, suite de navegación Mozilla, ofimática con StarOffice, Gaim, RealPlayer y Novell Evolution.

Según sus creadores, Sun Java Desktop System, es la primera alternativa viable a Microsoft Windows.