Su existencia fue efímera aunque su productividad abundante.
En 1808 sufre el episodio del Motín de Aranjuez, en el que el pueblo se amotina contra toda obra de Godoy en la ciudad.
Los gobernantes tratan de reconducir el amotinamiento hacia festivo y colocan un cartel en el jardín botánico que decía, es del Rey.
El listado de árboles existentes en 1809 realizado por su jardinero mayor de 25 000 árboles ha demostrado que no fue destruido sino que cayó en abandono, al igual que todos los proyectos de Godoy en la Ciudad.
Ha tenido varios intentos de restablecerlo fallidos.