Está administrado por la municipalidad de Tokio.

El código de reconocimiento internacional del Yakuyō shokubutsu no Tōkyōto teien como institución botánica (en el Botanical Gardens Conservation International - BGCI), así como las siglas de su herbario es TOKMM.

[2]​ Tokyo Metropolitan Medicinal Plants Garden, 72 Nakajima - cho, Kodaira-shi, Tokio 187, Japón.

Actualmente el jardín botánico alberga más de 1671 especies de plantas principalmente las plantas utilizadas en la farmacopea japonesa, en particular, los géneros Atractylodes, Asiasarum, Scutellaria, .

Las plantas se encuentran agrupadas en 14 secciones, según sus usos: Se pueden distinguir varios apartados tales como,