Los ministerios utilizan la denominación inglesa de Japanese Government Railways (JGR) para referirse a su red ferroviaria.Durante la Segunda Guerra Mundial, muchas líneas de la JGR fueron desmanteladas para suministrar acero al esfuerzo bélico.Sin embargo, la JNR no era una empresa estatal, y su contabilidad iba independiente del presupuesto nacional nipón.Numerosas líneas ferroviarias rurales sin suficientes pasajeros comenzaron a presionar su gestión y mantenimiento, creando más deuda interna.y las deudas pendientes de la antigua corporación se transfirieron a la contabilidad general del presupuesto nacional.Las listas de los trabajadores a ser contratados por las nuevas compañías del Grupo JR fueron elaboradas por la antigua JNR.En aquel entonces hubo una considerable presión sobre los miembros del sindicato ferroviario a abandonar su afiliación, y después de un año los miembros del llamado "Sindicato Nacional de Trabajadores Ferroviarios" (国鉄労働組合, Kokutetsu-rōdō-kumiai?La JNR operaba todos los servicios ferroviarios de pasajeros y mercancías del país.El Shinkansen, que constituyó en su día el primer Ferrocarril de alta velocidad, fue estrenado por la JNR en 1964.
