Ostentando el rango de Capitán, ella luego fue designada como Jefe médico del CSG, tras morir el anterior jefe y tuvo como su primer trabajo tratar el asunto de los "mancillados", del planeta dividido entre la Luz y Oscuridad.
[3] En el episodio "Hathor", Fraiser, Carter y otras mujeres soldados del SGC, lograron liberar la base del control de la reina goa’uld Hathor, y como reconocimiento a su valor, Fraiser fue promovida al rango de Mayor.
Mientras ambos charlaban en la cafetería, ella fue requerida para acompañar al SG-1, SG-7 y SG-5 hacia P3X-666, donde SG-13 había caído en una emboscada goa'uld.
[5] Una vez allí, ella intenta a detener la hemorragia que sufría el soldado Wells, con ayuda de Daniel Jackson, quien además grababa la situación.
Tras lograr sacar a todos del planeta, el Comando Stargate realizó un servicio en memoria de Fraiser, en el cual fueron mencionadas por Samantha Carter y Teal'c todas las muchas vidas salvadas por Janet Fraiser en los casi 7 años que estuvo en la base.
Entre las enumeradas estuvieron el SG-1 entero, el soldado Simon Wells, el Mayor Ian Hewles y el Sargento Conny Smith.