Abusando de la confianza depositada en él, y por razones desconocidas, Huygens comenzó a copiar meticulosamente esos mapas.
También supo que le barco de su hermano se había hundido falleciendo toda la tripulación.
A finales del siglo XVI, las Provincias Unidas de los Países Bajos, enfrascadas en la guerra de los ochenta años contra España, buscaban una ruta marítima entre el mar del Norte y Extremo Oriente que bordeando la costa norte de Rusia les permitiese alcanzar las Indias Orientales, donde veían importantes intereses comerciales, sin utilizar la ruta tradicional rodeando Europa y África, controlada por España.
Al llegar a Nueva Zembla la flota se dividió en distintas direcciones para intentar entrar en el mar de Kara.
La expedición iba acompañada por seis buques mercantes cargados con mercancías que los neerlandeses esperaban comerciar con China.
En 1596 publicó una nueva obra, Itinerario: Voyage ofte schipvaert van Jan Huyghen van Linschoten naer Oost ofte Portugaels Indien, 1579-1592 [Itinerario: Relato del viaje del navegante Jan Huyghen van Linschoten a las Indias Orientales Portuguesas].
Las obras de Linschoten fueron consideradas internacionalmente durante mucho tiempo como el estándar para los viajes a la India.
Una edición en inglés del Itinerario fue publicada en Londres en 1598, con el título de Iohn Huighen van Linschoten his Discours of Voyages into ye Easte & West Indies [Iohn Huighen van Linschoten y su Discurso de viajes a las Indias Occidentales y Orientales].
En 1601, como ya mencionó, publicó su relato de los viajes hacia el Norte: Voyagie, ofte schip-vaert van by Noorden om langes.
Publicaciones modernas: Hay varios accidentes geográficos y reconocimientos en honor de Linschoten.
El Premio Jan Huygen van Linschoten de 2007 fue ganado por la firma arquitectónica de los Países Bajos Office for Metropolitan Architecture (OMA) por su entrada exitosa y mantenimiento en mercados emergentes, como China, Kazajistán y, entre otros, los Emiratos Árabes Unidos.
El premio honra la práctica internacional innovadora, la capacidad de competir con los mejores en un campo en particular y una gestión financiera excelente.
OMA está activa en más de 30 países y ha logrado un enorme crecimiento internacional en los últimos años.