La palabra jaguapitã es de origen indígena y significa onza roja o pintada.
Inicialmente fue constituido el Patrimonio denominado São José dos Exploradores, y en el mismo año, fue inaugurada la primera casa comercial conocida como Casa Blanca.
El clima predominante es del tipo Cfa, subtropical húmedo mesotérmico, según la clasificación de Köeppen.
Con relación al suelo, el municipio está localizado en un área de transición entre basalto y arenita.
El relieve característico del municipio presenta una topografía plana o suave ondulada.