Mientras trabajaba en Louisville, conoció a y luego se casó con Emma L. Havrety en noviembre de 1864.
Todo el que podría corroborar su historia había muerto o abandonado el país y Smith había también destruido o perdido a su conveniencia todos los registros de la cuenta bancaria abierta durante ese período.
Fue encontrado culpable y confinado en el fuerte Clark durante un año, perdiendo la mitad del salario durante ese mismo período de tiempo; cuando un tribunal revisó la sentencia, dictaminó que se había sido demasiado indulgente con Smith, ya que se había burlado del procedimiento legal intimidando y manipulando testigos y cometiendo otras irregularidades.
Habían sido enviados a Balangiga para cerrar su puerto e impedir que llegaran suministros a las fuerzas filipinas del interior, que en ese momento estaban bajo el mando del general Vicente Lukbán.
[1] El ataque provocó una conmoción en los Estados Unidos, cuyos periódicos compararon la "masacre" con la de George Armstrong Custer en Little Big Horn en 1876.
Nunca se sabrá el número exacto de civiles filipinos muertos por las tropas estadounidenses.
Littleton Waller declaró en un informe que durante un período de once días sus hombres quemaron 255 viviendas y mataron a 39 personas.
El general Adna Chaffee, gobernador militar de las Filipinas, envió un cable al Departamento de Guerra solicitando permiso para mantener a Smith en las islas por corto tiempo, al temer que si se le daba la oportunidad de hablar con los periodistas podría mostrar "una imprudencia absurda" y "decir cosas contrarias a los hechos establecidos en el caso", o actuar "como un loco desequilibrado."
El consejo de guerra lo encontró culpable y lo condenó "a ser amonestado por la autoridad revisora".
Smith se retiró a Portsmouth, Ohio, y viajó un poco por el mundo.