Fue fundado en 1999 y juega en la Meistriliiga, la primera categoría nacional.

En 1999 varios empresarios locales recuperaron la denominación Vaprus para crear un nuevo club de fútbol amateur.

Cuatro años más tarde absorbió todos los activos del Levadia Pärnu, perteneciente al FC Levadia y que incluso había formado parte de la Meistriliiga.

La alianza duró hasta que en 2017 el club unitario quedó disuelto y el Vaprus Pärnu se hizo con sus derechos federativos en la Meistriliiga.

Igor Prins Henri Rüütli Plantilla en la web oficial