[2]​ Mallory recibió su licenciatura en Historia en el Colegio Occidental en California en 1967,[3]​ y luego pasó tres años en el Ejército de Estados Unidos como sargento de la policía militar.

La investigación del profesor Mallory se ha centrado en el Neolítico temprano y en la Edad de Bronce en Europa, el problema de la tierra original (urheimat) del idioma protoindoeuropeo, y la arqueología de la antigua Irlanda.

Está a favor de un enfoque integral a estos problemas, la comparación de la evidencia literaria, lingüística y arqueológica para resolver estos problemas históricos.

Una consecuencia de esta preferencia por un enfoque integrado es que el profesor Mallory ha sido muy crítico contra la teoría ampliamente difundida de Colin Renfrew, que localiza el urheimat o patria de la familia lingüística indoeuropea (a principios del Neolítico) en Anatolia, y asocia su difusión con la propagación de la agricultura.

El libro de Mallory con D. Q. Adams, titulado The Oxford introduction to proto-indo-european and the proto-indo-european world (Oxford University Press, 2006) proporciona un resumen completo del reconstruido idioma protoindoeuropeo, y evalúa lo que este puede decir acerca de la sociedad que lo hablaba.