Ján Babjak estudió filosofía y teología en el seminario de los Santos Cirilo y Metodio de Bratislava.
A su formación espiritual terminada fue enviado a Roma (1991) para especializarse en teología oriental en el Pontificio Instituto Oriental.
Después de un descanso de un año regresó a Roma para hacer un doctorado en teología oriental, que obtuvo en 1996 con una tesis sobre Michel Lacko (1920-1982), un historiador y escritor espiritual eslovaco.
De vuelta a su país fue director del centro espiritual ‘Michal Lacko’ en Košice y enseñó teología en la Universidad de Trnava.
En 2002 Babjak fue nombrado por el papa Juan Pablo II obispo de Prešov.