[1] En enero de 2005, Leko regresó por un breve período con Hajduk; en el verano se unió al Club Brujas.
Leko hizo su debut como entrenador en 2014, con Oud-Heverlee Leuven, pero dirigió al club durante una temporada.
Obtuvo la Jupiler Pro League y la Supercopa de Bélgica en su primera temporada en el Brujas.
[5] En diciembre de 2019, Leko dejó el club emiratí tras una desastrosa derrota en casa ante el Al-Dhafra.
[8] Esto le valió al club una clasificación en la fase de grupos de la UEFA Europa League 2020-21 por primera vez en la historia del club, donde fueron sorteados en el Grupo J contra Tottenham Hotspur, LASK y Ludogorets Razgrad.
Leko llevó al equipo a un sorprendente segundo puesto en el grupo, con 4 victorias y 2 derrotas, que culminó con una victoria en casa por 1-0 contra el Tottenham el 29 de octubre; como resultado, el equipo se clasificó para los dieciseisavos de final, donde se enfrentaron al Rangers.