Mientras estuvo en estas posiciones, luchó contra los Ejércitos Blancos bajo el mando de Antón Denikin y del barón Piotr Wrangel.

Según los informes alemanes, Máslennikov admitió abiertamente que los soviéticos «no necesitan ucranianos y bielorrusos ricos, solo el proletariado»; esto, por cierto, llevó a los alemanes a suponer que los soviéticos no se preocupaban en absoluto por los judíos.

[7]​ En julio de 1941, cuando sus tropas en las fronteras occidentales fueron aplastadas por la ofensiva alemana, el teniente general Máslennikov fue puesto al mando del 29.º Ejército, formado principalmente con personal de la NKVD[8]​ y subordinado al cuartel general del Frente de Reserva y más tarde al cuartel general del Frente Kalinin.

El 12 de octubre, los alemanes envolvieron al 29.º Ejército, pero logró abrirse paso hasta la orilla norte del Volga.

Fuentes soviéticas de la posguerra dan crédito por haber llevado a Tver al mayor general Vasili Yushkévich,[12]​ comandante del 31.º Ejército.

Sin embargo, las tenazas soviéticas fallaron, mientras Walter Model logró restaurar la línea del frente alemana.

Durante medio año, el 39.º Ejército operó profundamente en la retaguardia alemana, confiando en la guerra de guerrillas tácticas.

En la semana siguiente, 3500 hombres del 39.º Ejército consiguieron infiltrarse entre las líneas alemanas y alcanzar las principales fuerzas soviéticas; el resto pereció o fue tomado prisionero.

Este grupo improvisado estaba a cargo de defender el valle del río Térek y la carretera militar georgiana, pronto incorporó a sus efectivos, el 9.º, 37.º y 44.º ejércitos, sin embargo, la capacidad combativa de estos ejércitos estaba gravemente limitada por la escasez de efectivos, equipamiento pesado y municiones.

El 22 de enero, sus tropas entraron en contacto con el Frente Sur y se acercaron al cruce ferroviario en Tijoretsk.

Este objetivo final nunca se materializó: los alemanes defendieron ferozmente Bataisk, ganando el tiempo suficiente para evacuar el Grupo de Ejércitos A.

[23]​ Tras el primer fracaso en romper la línea Panther la Stavka, comenzó a concentrar fuerzas para un segundo intento.

Antes de alcanzarValga y Tartu, el Tercer Frente Báltico se detuvo nuevamente.

Comenzó a concentrar fuerzas para intentar aislar a las fuerzas alemanas desplegadas en Letonia de las tropas alemanas del Grupo de Ejércitos Centro, desplegados en Bielorrusia.

Al día siguiente, se disolvió el cuartel general del Tercer Frente Báltico.

Su función exacta y el alcance de sus responsabilidades variaron durante las numerosas reorganizaciones del sistema NKVD-MGB-MVD; en febrero de 1951, por ejemplo, su papel se redujo a Tropas del Interior solamente;[26]​ el nuevo MVD nunca volvió a concentrar tantas tropas y poder en un solo mando como en 1939.

Sudoplátov cree que tal plan no existía, pero Máslennikov prefirió el suicidio al probable arresto.