Del tupi, Itaguaí sería la unión de las palabras (Ita + Guay) que significaría "lago entre piedras" o aun una derivación de la palabra Tagoahy, que quiere decir "agua amarilla".

Con el tiempo, los misioneros se mudaron para la Hacienda Santa Cruz y dejaron el poblamiento indígena.

Después de la Independencia del Brasil, Itaguaí desarrolló su agricultura siendo en tiempos diversos el mayor productor de maíz, quiabo, guayaba, naranja y banana del Brasil.

[6]​ La Sierra del Mar delimita el municipio con Río Claro, Piraí y Paracambi.

Las principales sierras son las de Itaguaí, Caçador, Guardia Grande y Mazomba.