[1]​ Está bañado por las dos masas de agua que conforman el lago Titicaca; al noroeste, con la parte más grande denominado lago mayor o Chucuito y al sureste, con la más pequeña llamado lago menor o Huiñaymarca.

Políticamente, el istmo se encuentra ubicado en la provincia del mismo nombre, dentro del departamento de Puno.

[1]​ La mayoría de las tierras del istmo tienen poca elevación sobre el nivel del lago; gran parte de ellas están destinadas a la agricultura.

[1]​ Hacia el sur del istmo se levanta el cerro Khapia o Apu Khapia, que tiene un carácter sagrado y mágico, además de formar parte de muchos relatos míticos propios de la cultura aimara de la zona.

[2]​ En el istmo de Yunguyo durante la época inca, había una gran muralla de piedra que iba de costa a costa — es decir desde la orilla del lago mayor o Chucuito hasta la orilla del lago menor o Huiñaymarca —,[2]​ con puertas, y guardianes, que examinaban a toda la gente que iba en romería a los adoratorios de la península de Copacabana y de la isla del sol.