La única vía de acceso es la marítima, partiendo desde Puerto Bolívar, en una travesía que dura dos horas.

Esta pequeña isla presenta acantilados que se asienta sobre la zona de transición entre las aguas marinas y fluviales del golfo.

Desde 1747 presta sus servicios a la navegación marítima, el primer faro que se instaló en la Isla Santa Clara, por estar ubicado en el centro del Golfo de Guayaquil.

Actualmente, se ejecuta el proyecto de monitoreo de especies marinas indicadoras, que pretende inventariar vertebrados marinos y costeros en la isla, así como en aguas y costas adyacentes.

El medio marino circundante a la Isla Santa Clara es una mezcla donde confluyen especies estuarinas y neríticas costeras de afinidades bio geográficas mixtas.

Es el hábitat de aves, lobos marinos, iguanas, piqueros patas azules, fragatas, pelícanos pardos, entre otras especies.