Políticamente la isla es administrada por la municipalidad de Mayagüez y parte del Barrio Sabanetas.

Fue descubierta por el Almirante Cristóbal Colón durante su segundo viaje al Nuevo Mundo; sin embargo no recibió ese nombre si no hasta el año 1517 cuando fue llamada así por el explorador español Núñez Alvárez de Aragón.

Durante el siglo XVIII la isla fue usada por piratas y bandidos, durante la Segunda Guerra Mundial, y hasta 1952 la isla fue usada por las Fuerzas Armadas de Estados Unidos para realizar pruebas con bombas, entre 1952 y 1965 la Fuerza Aérea Norteamericana usó la isla como zona de entrenamiento, y en 1983 fue designada como Refugio nacional de vida silvestre de Desecheo (en inglés: National Wildlife Refuge).

Aquí anidaban: aproximadamente 15.000 piqueros pardos, 2.000 piqueros patirrojos (Sula sula), 2.000 tiñosas (Anous stolidus), 1.500 charranes embridados (Onychoprion anaethetus) y cientos de fragatas reales (Fregata magnificens), gaviotas reidoras (Larus atricilla) y charranes sombríos (Onychoprion fuscatus).

En 2017, se observaron algunos con flores y enormes frutos amarillos, lo que es una buena señal para el estado reproductivo general de la población.