Según los últimos datos de polaridad magnética y dataciones geocronológicas, la isla se ha formado a lo largo del periodo cuaternario.

Las rocas expuestas más antiguas se han formado con posterioridad a la inversión magnética de Brunhes-Matuyama (780 000 años), aunque la mayoría de la isla se ha formado en los últimos 200 000 años,[3]​ con rocas básicas, intermedias e incluso ácidas.

Entre las caletas Balleneros y Péndulo hay una gran ensenada llamada por Chile Buen Tiempo.

En el exterior de la isla sobresale al noreste la punta Macaroni o Froilán.

La actual bahía Foster fue llamada por los estadounidenses Yankee-Harbor, nombre desechado más tarde.

[9]​ En 1839 el teniente estadounidense Charles Wilkes visitó la isla e hizo estudios de estrategia naval.

Ese mismo año el francés Jules Dumont D'Urville en los barcos Astrolabe y Zelee cartografió la isla.

Estos necesitaban un fondeadero protegido y un suministro abundante de agua dulce, para lo que Decepción era un lugar ideal.

[9]​ Otras compañías balleneras le siguieron, con varios cientos de hombres residentes en Decepción durante los veranos antárticos.

Estableció un servicio postal y designó un magistrado aduanero en Decepción, que debía encargarse de que las compañías balleneras pagaran por sus licencias y no excedieran sus cuotas de caza.

La empresa obtuvo licencia británica en 1911 y hasta 1919 no logró una completa operación de su planta.

[15]​ El Reino Unido envió en el marco de la Operación Tabarín los barcos HMS Williant Scoresby y SS Fitzroy, que el 3 de febrero de 1944 establecieron una base permanente en la isla, la Base B Isla Decepción (Station B — Deception Island) en la bahía Balleneros, retirando nuevamente la bandera argentina.

[18]​ El refugio argentino y un cercano refugio chileno deshabitado fueron destruidos y los marinos argentinos fueron entregados a un barco de ese país el 18 de febrero en las islas Georgias del Sur.

Un destacamento británico permaneció tres meses en la isla mientras la fragata patrulló sus aguas hasta abril.

En 1955 se inauguró en la caleta Péndulo la base chilena Pedro Aguirre Cerda y el Refugio Cabo Gutiérrez Vargas.

Estudios de control geodésico de deformaciones se han llevado a cabo en los últimos años y los resultados indican que existe relación entre la deformación cortical y la actividad volcánica.

[22]​ En 2000 Argentina, Chile, Noruega, España y el Reino Unido llegaron a un acuerdo sobre una estrategia integrada para la gestión de las actividades en la isla.

Esto se debe a que la frecuente actividad volcánica crea nuevos sustratos para la colonización vegetal.

Los 11 sitios son:[24]​ Además hay dos sitios marinos en Puerto Foster colectivamente designados ZAEP 145: Puerto Foster, Isla Decepción, Islas Islas de la Buena Nueva, para proteger sus comunidades bentónicas.

Otras aves que anidan en el sitio son: págalo subantártico, petrel damero y paloma antártica.