Tras ese nombramiento, Muhammad Ali Bogra le pidió que participará en su gobierno ocupando el cargo de ministro del Interior.

En 1956, Pakistán aprobó su primera constitución, pasando a ser presidente de la República.

Aunque los dos cargos venían a ser esencialmente el mismo, Mirza fue oficialmente elegido por el Parlamento.

Durante su presidencia, el país fue prácticamente ingobernable; como muestra de ello basta decir que en dos años, hubo cuatro primer ministros.

En 1958, pensando que la Constitución de 1956 estaba contribuyendo a la inestabilidad política, Mirza declaró la ley marcial el 7 de octubre, con vistas a redactar una nueva constitución "más acorde con el carácter del pueblo pakistaní".