En 1997 se produjo un cambio importante, tanto en su trayectoria televisiva como radiofónica, al pasar a los medios públicos, a instancias del nuevo director de RTVE, Fernando López Amor.

Permanece cuatro años en El primer café, hasta que en 2002 es cesada al frente del programa por la dirección de la cadena y relevada por Carmen Gurruchaga.

[4]​ En ese momento, tanto Luis Herrero en radio COPE como María Teresa Campos en televisión, críticos ambos con la forma en que la periodista fue despedida, le ofrecen hueco en sus respectivas tertulias políticas.

A principios de noviembre del mismo año, en el programa 59 segundos, fue Isabel San Sebastián la que abandonó el plató debido a las acusaciones que le había lanzado Calleja, quien la acusó de "haber engordado a ETA", motivo por el cual la periodista interpuso una demanda de protección al honor ante los tribunales.

Además de sus ensayos políticos, ha cosechado éxito con las novelas históricas como La visigoda, Astur, El reino lejano o La peregrina.

A Isabel San Sebastián se le ha asociado tradicionalmente a la derecha,[11]​[12]​ especialmente al Partido Popular aunque en ocasiones ha sido muy crítica con este partido, en particular con José María Aznar.

Ha arremetido contra jornadas como el 8-M por "manosear a la mujer"[13]​ y en casos como el de La Manada denunció que al poner el foco en la víctima se le obligaba a tener que demostrar su inocencia.