Conocido como "Goiko", destacó en las filas de Osasuna, Real Sociedad, F. C. Barcelona y Athletic Club, tanto como extremo derecho como lateral.

Sin embargo, el F. C. Barcelona le fichó como una apuesta de futuro, ya que cedió a Goikoetxea durante dos temporadas a la Real Sociedad como parte del pago al club txuriurdin por los fichajes de José María Bakero, Txiki Begiristain y Luis María López Rekarte.

Aquel año fue designado en algunas votaciones como mejor jugador de la Liga gracias a sus internadas por las bandas.

[2]​ Al finalizar la temporada 1993-94 y, habiendo disminuido su participación en el equipo, Goiko fichó por el Athletic Club.

[6]​ Finalmente, en enero de 1999 se incorporó al Club Atlético Osasuna, en Segunda División, donde cerró su carrera deportiva.

[7]​ Tras su retirada como futbolista llegaría unos años más tarde a formar parte del cuadro técnico de Osasuna.

El 2009 integró el equipo del Barcelona Veteranos que ganó la liga española de fútbol en pista cubierta.