El equipo se fundó en el 2016, bajo el nombre de Nativet Fútbol Club, disputando torneos regionales, a inicios del 2021, el club cambió de nombre a Nativet San Carlos Fútbol Club, y para inicios del 2022, el equipo cambió su nombre a San Carlos Fútbol Club, bajo este nuevo nombre, el equipo sancarleño inició desde LINAFA compitiendo en la temporada 2021-2022, logrando su clasificación a la final en el Torneo Apertura 2023 contra el C. D. Pavas,[3]​ serie que fue resultado del subcampeón del campeonato tras perder en el marcador global 0-2 ante C. D.

[1]​[5]​ El 12 de enero de 2024, San Carlos F. C. debutó en la primera fecha de la competición contra A. D. COFUTPA, el encuentro finalizó con una victoria abultada de 0-6, por las anotaciones de Andrés Porras, Darryn Rojas, Jonathan Candenado, Armando Rodríguez, Anthon Mclean y Juan Vicente Solís.

[6]​ Para la Temporada 2024-2025 deciden cambiar su nombre por Inter San Carlos, así como sus colores y logo.

Entrenador(es) Douglas SequeiraPreparador(es) físico(s) Diego SalasEntrenador(es) de porteros Bryan LeónAsistente(s) / Analista(s) Geovanni PaniaguaOtros miembros Brayner López

Se muestra un listado de directores técnicos que han dirigido al equipo.