El establecimiento del Instituto fue iniciado por el presidente estonio Toomas Hendrik Ilves en 2008.
El Instituto fue establecido por Leon Glikman, Rein Kilk, Jaan Manitski, Tiit Sepp, Hannes Tamjärv e Indrek Teder.
El objetivo del Instituto se estableció para brindar a los ciudadanos estonios una visión global y objetiva del estado de los derechos humanos en Estonia durante la ocupación soviética.
También es responsabilidad del Instituto ayudar a los ciudadanos estonios a comprender mejor lo que ellos mismos o sus padres y abuelos tuvieron que soportar durante la ocupación soviética.
[1] En 2017, el Instituto se fusionó con la Fundación Unitas en una nueva organización que combina la investigación académica sobre regímenes antihumanos (anteriormente a cargo del Instituto de Memoria Histórica de Estonia) con la sensibilización (anteriormente a cargo de la Fundación Unitas).