Fue creado a partir del Centro de Estudios sobre la Universidad (CESU) en 1976.
El CESU surgió como una entidad para estudiar la historia y el presente de la universidad y no tardó mucho tiempo en incorporar la dimensión pedagógica en su actividad convirtiendo al CESU en un referente de la investigación educativa en el país.
Entre sus principales fondos se encuentran: Aurelio Robles Acevedo, Rafael Chousal, Ezequiel A. Chávez, Francisco Urquizo y Martín Luis Guzmán, Jaime Torres Bodet y siete fondos del movimiento estudiantil de 1968, entre otros.
Es posible mencionar que el sitio web se convirtió en la plataforma central de las consultas al Archivo.
Asimismo el AHUNAM ha desarrollado dos micrositios, el portal “Zapata en la UNAM” y “Autónoma: 90 años de libertades universitarias"