Cuando estalló la Guerra Civil, el antiguo hospital se usó para conservar las obras que la Generalidad republicana confiscaba en todo el territorio leridano (entre ellas la colección del Museo Diocesano) y pasó a denominarse Museo del Pueblo.

Éste se estructuraría de manera semejante al Instituto de Estudios Catalanes, con diversas secciones que abarcaban ciencias y humanidades.

El IEI fue adscrito al Consejo Superior de Investigaciones Científicas.

La segunda etapa se inició en 1986 cuando se decidió refundar el IEI para modernizarlo e integrarlo en la nueva realidad democrática de Lérida.

El actual Instituto de Estudios Ilerdenses organiza numerosas actividades y exposiciones relacionadas con la cultura y el conocimiento, destacando la Sala de Arqueología instalada en el propio hospital.