La resolución del Consejo Rector del CSIC también establece la misión general del instituto:La misión del Instituto de Ciencias del Patrimonio es fomentar, desarrollar, validar y difundir investigación científica y tecnológica de calidad y de carácter pluridisciplinar sobre el patrimonio cultural con el fin de contribuir al avance del conocimiento, al desarrollo económico, social y cultural de su entorno, a la formación de personal investigador especializado y al asesoramiento desde el conocimiento experto a entidades públicas y privadas, tanto nacionales como internacionales.
[3] Dedicada a investigar las circunstancias que constituyen el campo de operación de las disciplinas que estudian el patrimonio cultural,[10] es decir, está orientada principalmente a la investigación ontológica, epistemológica y metodológica del patrimonio cultural.
[3] Esta línea de investigación está centrada en el modo en el que las sociedades de Homo sapiens (tanto actuales como pasadas) forman su patrimonio cultural, los mecanismos por los cuales algo llega a ser considerado patrimonio.
[3][10] Se incluye en esta línea de investigación la dimensión jurídico-política del patrimonio, tanto en lo referente al patrimonio como una entidad jurídico-formal, como al contexto jurídico y político de cada elemento patrimonial, modelos de gestión pública, políticas de investigación y desarrollo, etc.[3] Esta línea estudia los bienes culturales a través del registro arqueológico e histórico.
[3] Esta línea de investigación está dedicada a crear, seleccionar, desarrollar, analizar, validar, demostrar y diseminar las tecnologías necesarias para la construcción de significado en torno a la información que se genera y maneja durante los trabajos de investigación y gestión del patrimonio cultural.
Estas tecnologías incluyen los sistemas de información geográfica y la teledetección.
Anteriormente también existían las unidades de "Cultura científica" y "Formación externa".