Presta asistencia sanitaria y hospitalaria a los trabajadores del mar y sus beneficiarios dentro del territorio nacional en los establecimientos propios del mismo Instituto.

La asistencia sanitaria de los trabajadores del mar se mantiene a bordo y en el extranjero utilizando sus propios medios, tales como el centro radio médico,[4]​ los centros en el extranjero (con delegaciones en Senegal, Namibia, Mauritania y Seychelles)[5]​ o los buques sanitarios del ISM.

[8]​ En ellos es posible obtener tanto ciertas titulaciones profesionales como certificados de especialidad requeridos por la Dirección General de la Marina Mercante para poder trabajar en la mar: certificado de buques petroleros, certificado del sistema mundial de socorro y seguridad marítimos, etc. A lo largo de su historia el ISM ha construido en localidades ribereñas las llamadas «Casas del Mar», edificios en los que se emplazan no sólo el centro sanitario, sino aulas de enseñanza y las propias oficinas destinadas a la gestión de las cotizaciones de la SS de los trabajadores del mar.

[9]​ Asimismo, en muchas de ellas se emplazaron las hospederías, establecimientos hosteleros en los que los trabajadores del mar, previa justificación con la libreta marítima[10]​ de estar afiliados al régimen especial del mar, pueden alojarse por un módico precio.

Estas hospederías fueron transferidas con el tiempo a las Comunidades Autónomas, resultando que por su alto coste de funcionamiento muchas fueron cerradas.