Sin embargo, la primera sede no pudo albergar todas las dependencias anexadas al colegio, por lo tanto el Gobierno tuvo que comprar por la suma de 14 mil 250 balboas edificaciones cercanas.

Posteriormente, se escogió utilizar un solar conocido como Santa Rosa, ubicado en las faldas del Cerro Ancón.

Los planos del edificio para el Instituto Nacional fueron confeccionados por el arquitecto italiano Genaro Ruggieri, en enero de 1910.

La construcción del Instituto Nacional fue realizada por el ingeniero panameño Florencio Harmodio Arosemena, en un plazo de dos años.

Las dos esfinges que custodian la entrada son figuras mitológicas que simbolizan la sabiduría y la genialidad, su cabeza es el razonamiento, el cuerpo es la fuerza y la resistencia del león, las alas representan la libertad, ambas esfinges fueron esculpidas en bronce por el escultor Gaetano Chiaremonte en Italia.

En 1914, los efectos climáticos hicieron necesaria la construcción de andenes o pasadizos techados, para la comunicación del estudiantado y del cuerpo docente entre los pabellones durante la estación de las lluvias.

En los elementos arquitectónicos y decorativos Ruggieri especificó el empleo de mármol, piedra artificial o cemento comprimido.

En las dependencias laterales al vestíbulo, el cielorraso indicaba dibujos de estilo renacentista italiano.

En los trabajos de decoración del Instituto Nacional participaron, además del arquitecto Ruggieri, otros artistas italianos como Arturo Tamagnini, que desarrolló el tema de las Artes, las Letras y la Ciencia.

En el vestíbulo se encuentra una placa de bronce grabada con el siguiente epitafio del poeta Ralph Waldo Emerson “sólo los que construyen sobre ideas, construyen para la eternidad”, esta frase ha inspirado a generaciones de institutores en sus luchas patrióticas.