Como antecedente a dicha institución en el año 1914 se creó el hoy conocido establecimiento la Estanzuela, primer establecimiento encargado de analizar y mejorar la genética vegetal de Uruguay, el mismo fue dirigido por el doctor y fitotecnista alemán Alberto Boerger.

En los primeros años la institución recibió la denominación de Instituto Fitotécnico y Semillero Nacional, ya que su principal actividad estuvo desarrollada en la investigación fitotécnica de trigo, cebada, maíz, avena y alfalfa.

En los años sesenta adquiere la denominación de Centro de Investigaciones Agrícolas Alberto Boerger, en honor a su primer director, para dicha década el instituto amplía sus cometidos a otros rubros agropecuarios.

[1]​ Desde su creación la junta directiva de la institución está conformada por dos integrantes designados por el Poder Ejecutivo a propuesta del Ministerio de Ganadería, Agricultura y Pesca.

En la actualidad, el instituto cuenta con diferentes establecimientos y direcciones regionales en distintos puntos del país.