Su hábitat natural son bosques subtropical o tropical.
Se encuentra a una altitud de 500-1,350 metros.
A diferencia de otras especies en la isla en el hábitat, es la única especie que crece como un árbol en lugar de como una hierba o arbusto y es la única especie restringida a la vegetación submontana relativamente húmeda a altitudes de las más altas en las montañas Haggeher.
Se dispersa relativamente poco en las áreas submontana y bosque montano.
Indigofera sokotrana fue descrita por Friedrich Karl Max Vierhapper y publicado en Oesterreichische Botanische Zeitschrift 54: 32.